Pada tanggal 24 Mei 1999 berdirilan Sekolah Menengah Kejuruan (SMK) Muhammadiyah 1 Temanggung yang berlokasi di Jalan Dr. Sutomo No 288 Temanggung, membuka jurusan  1. Teknik Mesin,  2.  Teknik Otomotif.

Pendirian SMK Muhammadiyah 1 Temanggung tersebut berdasarkan surat dari Departemen pendidikan dan Kebudayaan Kantor Wilayah Propinsi Jawa Tengah tentang persetujuan pendirian / penyelenggaraan sekolah swasta nomor : 0646/I03.08/MN/1999 tanggal 24 Mei 1999.

SMK Muhammadiyah 1 Temanggung menempati dua lokasi yang berbeda yaitu lokasi 1 bertempat di gedung milik Muhammadiyah yang dahulu ditempati SMA Muhammadiyah 1 Temanggung (Jl. Dr Sutomo No 288 Temanggung) dan lokasi kampus 2 bertempat di desa Tlogorejo, Temanggung berjarak 1,5 km dari lokasi pertama.

Seiring dengan perkembangan zaman, SMK Muhammadiyah 1 Temanggung yang sekarang akrab disebut dengan SMK MUTU Temanggung melakukan pelebaran sayap dengan membuka jurusan lain. Hal ini dilakukan tentu saja dengan analisa yang matang atas dasar permintaan pasar yaitu membuka jurusan Multimedia dan Tata Busana pada tahun 2009 serta jurusan Teknik Sepeda Motor pada tahun 2016. Sedangkan jurusan Teknik Mesin difokuskan menjadi jurusan Teknik Otomotif saja.

SMK MUTU Temanggung berusaha untuk terus menjadi lembaga pendidikan yang terpercaya dengan melakukan akselerasi dan peningkatan di segala lini. Peningkatan mutu ini salah satunya dilakukan dengan pemenuhan sarana prasarana yang memadahi baik fasilitas umum maupun fasilitas khusus di setiap jurusan.

Sejak tahun berdirinya, SMK MUTU Temanggung juga terus meningkatkan mutu pendidikan. Terbukti dengan menjadi juara berturut – turut sejak 2004 dalam Lomba Ketrampilan Siswa Tingkat Kabupaten bidang Otomotif. Beberapa tahun kemudian setelah berdirinya jurusan Multimedia juga langsung menunjukkan progres yang baik dengan menjadi Juara Festival Film Temanggung disusul dengan Juara Satu Tingkat Nasional yang diadakan oleh Kompas TV. Jurusan Tata Busana dan Teknik Sepeda Motor juga tidak kalah menjadi Juara Satu mewakili Temanggung ke Lomba Kreasi Busana Muslim Tingkat Provinsi dan Juara Satu LKS bidang Teknik Sepeda Motor Tingkat Kabupaten Temanggung.